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As principais indicações do PGD são os casos de portadores de desordens genéticas e anomalias cromossômicas, mulheres com idade avançada, casais com repetidas falhas de implantação em ciclos de FIV e casais com abortamentos repetidos. A utilização do PGD procura detectar as moléstias contraídas geneticamente para evitar o aborto após a implantação no útero da mulher.
No Brasil não há legislação a respeito. Entretanto, o parecer do Conselho Regional de Medicina do Estado de São Paulo n° 95.108/2003, em virtude de consulta, não proíbe o procedimento.
Com a finalidade de seleção, técnicas como o PGD podem gerar grandes discussões, pois podem ser encaradas como eugenia. Ou seja, escolha dos melhores. A seleção sexual deliberada é proibida. A escolha do sexo realizada através dos cromossomos X e Y pode ser utilizada somente para seleção de embriões que podem ter doenças específicas de determinado sexo, como é o caso da hemofilia que é uma dificuldade no processo de coagulação sanguínea que atinge mais indivíduos do sexo masculino; e da Síndrome de Turner, que atinge somente as mulheres e tem como principal característica o infantilismo sexual e não desenvolvimento das capacidades reprodutivas.